早1997年隐形矫治技术开始应用时，软件就被认为是组成这项技术的关键。随着扫描和快速成形系统的发展，可以使物体被扫描后在计算机在数字化重建并进行实体定制。实际上，这些技术就进行计算机辅助设计（computer aided design, CAD）的应用。隐形矫治技术所需要的是能够提供隐形矫治器设计的CAD软件。这个软件支持以虚拟的模型代替标准的牙颔模型用在常规正畸矫治器的制作上，而虚拟模型的最终用途要远多于实体模型，在物理模型上难以实现的很多分析在虚拟模型上很容易实现。比如，在计算机模型上尝试一种治疗方案的设计及其效果比在物理实体模型上容易得多。至少，复杂的计算机运算方法实现了矫治器设计过程中某些方面的自动化，并使隐形矫治的生产公司可以进行批量生产。

   虚拟牙颔模型还有什么其他的优势呢？实验室中采用手工方法已经制作出与隐形矫治技术系统相似的矫治器。在这些方法中，单个的牙齿被从牙颌模型上切割下来，用蜡或类似的材料进行固定，采用手工方法重新在牙颌模型上排列牙齿。然后根据设计重新排列牙齿后的牙颌模型制作出一个矫治器，通常采用真空负压成形或正压力成形方式。根据这一过程就可以在这个分割的牙颌模型上设计出许多不同的牙齿排列状态，并为每一个排列状态制作矫治器。